水宮社は谷内川の治水の水神として、平安初期（860頃）より前に創建されたと考えられております。

水宮社は般若郷46ヶ村の総社でもあり、古くは、谷内川が般若郷の広い村々に水の恵みを与えていたことがうかがわれます。

祭神は水若酢神。これは、隠岐の国一宮の水若酢神の祭神であり、水宮社の石の揮毫が隠岐の国一宮の神主である忌部氏によることから深いつながりを感じることができます。